O CIDEU é constituído pela Assembléia Geral, pelo Conselho Reitor e pela Secretaria Geral.

A Assembléia Geral é o órgão máximo de governo. É composta pelos membros de pleno direito do CIDEU e é realizada uma vez por ano. A Assembléia Geral elege anualmente a vice-presidência que, um ano depois, assume a presidência, gerando rotatividade e continuidade. Durante esse período, entre março de 2007 e junho de 2008, a cidade de Durango, no México, assume a presidência, representada por seu Presidente Municipal, Eng. Jorge Herrera Caldera.

O Conselho Reitor é o órgão de governo. É constituído pela presidência do CIDEU, vice-presidência e presidência saliente. A Secretaria Geral e os membros são renovados de modo parcial por meio de eleição realizada pela Assembléia Geral anual.

No período de referência, o Conselho Reitor é constituído por:

Presidência
Márcio Araújo LACERDA
Prefeito de Belo Horizonte (Brasil)

Vice-presidência
Angélica del Rosario ARAUJO LARA
Prefeita de Mérida (México)

Presidência Saliente
Roberto Miguel LIFSCHITZ
Intendente Municipal de Rosário (Argentina)

Secretária Geral
Maravillas ROJO
Barcelona (Espanha)

Membros Natos:
Jordi HEREU
Prefeito de Barcelona (Espanha)

Francesc SANTACANA
Coordenador Geral de Planejamento Estratégico de Barcelona (Espanha)

Membros:
Antonio José LEDEZMA
Alcalde del Distrito Metropolitano de Caracas (Venezuela)

Lydia RIVERA
Prefeita de Caguas (Puerto Rico)

Patricio KUHM
Prefeito de Concepción (Chile)

Odon ELORZA
Prefeito de Donostia-San Sebastián (España)

Ricardo Leonardo IVOSKUS
Intendente Municipal de General San Martín (Argentina)

Blanca ALCALÁ RUIZ
Prefeita de Puebla de Zaragoza (México)

Augusto BARRERA
Prefeito Distrito Metropolitano de Quito (Ecuador)

Juan Gilberto SERULLE
Síndico Municipal de Santiago de los Caballeros (República Dominicana)

Norman Noel QUIJANO
Prefeito Municipal de San Salvador (El Salvador)

A Secretaria do CIDEU é um órgão executivo, com sede em Barcelona, na Espanha.